秘書室分設三科，各科掌理事項如下：

室本部及綜合
  （一）本室預算編列及控管事項。
  （二）各項管考及事務性綜合事項。

一、庶務出納科
  （一）公產、公物之保管維護事項。
  （二）技工、工友之調度及管理事項。
  （三）本會員工各項給與事項。
  （四）各項公款收支出納事項。
  （五）其他庶務及出納事項。

二、採購科
  （一）工程、財物及勞務之採購及協助驗收事項。
  （二）處理採購之爭議事項。
  （三）政府採購法之推動、宣導、講習、訓練等事項。
  （四）採購資料之蒐集及統計事項。
  （五）其他政府採購事項。

三、文書檔案科
  （一）典守印信事項。
  （二）文書收發。
  （三）繕校及公文查詢事項。
  （四）檔案管理事項。
  （五）其他文書檔案事項。